في ظل الاهتمام الذي توليه الدولة لإصلاح منظومة قطاع مياه الشرب والصرف الصحي ، وفي سياق عملية إعادة الهيكلة التي انطلقت في مطلع الألفية الجديدة، صدر القرار الجمهوري رقم 136 لسنة 2004 الذي يقضي بإنشاء جهاز تنظيم مياه الشرب والصرف الصحي وحماية المستهلك ليكون مسئولا عن تنظيم ومتابعة ومراقبة كل ما يتعلق بأنشطة إنتاج وتوزيع مياه الشرب والتخلص  الآمن من الصرف الصحي ، وبتوالي مراحل الإصلاح توالت القرارات الجمهورية  والوزارية التي تعزز قيام الجهاز بمسئولياته ، ففي عام 2007 صدر القرار الجمهوري 227 لسنة 2007  بتعديل بعض أحكام القرار 136 لسنة 2004 ، ثم القرار الوزارى 115 لسنة 2007 والذي منح الجهاز مجموعة من الصلاحيات التي تساعده على القيام بدوره الذي ينظمه القرار 136  لسنة 2004 ، ومؤخرا هناك نقاش مهم حول مشروع قانون جديد لتنظيم قطاع مياه الشرب والصرف الصحي ، والذي سيوفر للجهاز التنظيمي مجموعة كبيرة من الأدوات القانونية التي تساعده على المساهمة في الارتقاء بالقطاع ، وينظم العلاقة بين أطرافه تحت مظلة وزارة الإسكان والمرافق والمجتمعات العمرانية .

وقد قام الجهاز بدور محوري في تطوير ودعم خطة الإصلاح المالي للقطاع من خلال سياسة جديدة وهيكل جديد لتعريفة مياه الشرب والصرف الصحي تم إقراره من مجلس الوزراء بالقرار رقم 1012 لسنة 2018 وتم العمل به وتطبيقه من قبل شركات مياه الشرب والصرف الصحى على مستوى الجمهورية.