وفقاً لنص المادة السادسة من القرار الجمهورى رقم 136 لسنة 2004، يُشكل مجلس إدارة الجهاز برئاسة السيد وزير الإسكان والمرافق والمجتمعات العمرانية وعضوية كل من: الرئيس التنفيذي للجهاز التنظيمي، رئيس الهيئة القومية لمياه الشرب والصرف الصحي، رئيس الجهاز التنفيذى لمياه الشرب والصرف الصحي، رئيس مجلس إدارة الشركة القابضة لمياه الشرب والصرف الصحي، ممثل لكل من وزارات المالية، الموارد المائية والرى، الصحة والسكان، والبيئة يرشحه الوزير المختص، عشرة أعضاء يمثلون الشخصيات العامة، وذوى الخبرة، والمستهلكين، يرشحهم وزير الإسكان والمرافق والمجتمعات العمرانية. وقد صدر قرار السيد رئيس مجلس الوزراء رقم (1582) لسنة 2019 تشكيل مجلس إدارة الجهاز التنظيمي لمدة ثلاث سنوات برئاسة السيد وزير الاسكان والمرافق والمجتمعات العمرانية وعضوية السادة التالى أسمائهم: